TFileStream его методом ReadBuffer читать в буфер (кусками или сразу весь файл - как не жалко памяти и на сколько большой файл), начиная с места после заголовка и следя за IOError (когда уже в конце файла, а TFileStream читать просим), затем писать через WriteBuffer в другой файл (чтобы получился идентичный файл - записываем тот же заголовок), перед этим "извращаясь" с буфером как хочется или без извращений - один в один