На самом деле это делалось для повышения мобильности и портабельности Far-а, чтобы его можно было просто скопировать и запустить хоть с флешки. Для версии 1.75, если кто забыл, нужно вначале применить свои настройки на целевой машине, потому как умолчательные никуда не годятся, на мой скромный вкус.
На современных Windows есть также проблема с доступом на запись в реестру и/или в каталог программы.
Поэтому, как мне кажется, они приняли вполне здравое решение, реализовав хранение в одном файле с возможностью скриптования, если не путаю, как сделано в Miranda IM. Теперь даже можно держать "админские" настройки как умолчательные в каталоге Far только для чтения и перекрывать их своими, которые хранятся в %AppData%. Опять же, если не путаю. По крайней мере, разговоры об этом были.
Сам до сих пор сижу на 1.75 из-за некоторых плагинов и нехватки времени на переход с портированием своих настроек. Переходить -- так переходить.
