В программе FlashGet сделано это очень просто. Программа проверяет, является ли текст в буфере ссылкой URL. Если да, то показать диалог подтверждения загрузки. И пользователь сам решает: скачать или нет. Пока ни один поользователь FlashGet на это не пожаловался
.